自分のwindowsの開発環境において、
Boost_INCLUDE_DIRと同じディレクトリにpng.hが置いてあるのですが、
libpngのバージョンがchoreonoid/thirdparty/lpng1232/png.hと異なっているために
リンカエラーが生じてしまいます。
具体的にはCnoidUtilのビルド時に、
${Boost_INCLUDE_DIR}/png.h の方が
choreonoid/thirdparty/lpng1232/png.h よりもインクルードリストの先に来ているために
前者がインクルードされますが，リンク時にはlpng1232以下のソースをビルドしたlibpng.libが
リンクされるためにリンカエラーとなります。
windows環境ではfind_packageが機能しにくいためにthirdparty/が用意されているのだと
推察しますが、どうにかならないでしょうか（投げやりですみません）。
windows環境でもCMAKE_INSTALL_PREFIXでインストール先を指定する場合には
boostやその他のライブラリが同一ディレクトリにインストールされますので、
こういった競合は起きやすいことなのではと思います。
単純にthirdparty以下のライブラリバージョンを上げて頂けるだけでもその場しのぎには
なるかと思いますが・・・