シミュレーション中に何かのバグや不具合でシミュレーションが固まることがあるかと思います。
その際に、コマンドラインから起動している場合、端末上でCtrl + C を押すことで停止できることもありますが、固まり方がよくないと、これでは停止できないこともあります。
そのような場合は、まず Ctrl + Z を押します。すると端末が解放されて、コマンドを入力できるようになります。これはChoreonoidを終了させているわけではなくて、まだバックグランドで存在している状態です。
その後端末上で、
kill -9 %
と入力します。
このコマンドによって、固まっているChoreonoidのプロセスを強制的に終了することができます。
%の後にはその端末におけるジョブ番号を指定しますが、番号を省略するとカレントジョブが対象となります。
Choreonoidが固まってCtrl + C でも終了しない場合は、このように完全に停止させた方がよいです。これをしないと、残っているプロセスが他に影響を与える可能性もありますので。